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El tema es de muy variada condición, pero aquí me circunscribiré a la exposición de algunas cuestiones directamente relacionadas con la documentación generada por los principales protagonistas de los conflictos que se relatan en los cuatro capítulos que componen la obra. Entre otras, se pondrán sobre la mesa algunas cuestiones ineludibles: ¿quién gobernaba el timón de la acción política, la monarquía o la Providencia Divina? ¿Estaba la Iglesia por encima de los gobiernos humanos? ¿Debía aquella compartir con estos la potestad política o sujetarse a la autoridad regia en los asuntos de la transitoriedad? Si religiosos y civiles participaban de consuno en la conducción de los pueblos, ¿dónde debían situarse las fronteras jurisdiccionales?
Estas interrogantes y su propuesta de explicación irán apareciendo a lo largo del relato. Por lo pronto, no obstante, conviene dejar en firme dos reflexiones planteadas de manera estrictamente hipotética: primera, la persistente conflictividad entre evangelizadores y gobernantes, sin dejar al margen el ingrediente personal y los ímpetus autoritarios, hundía sus raíces en la crónica asimetría de intereses institucionales que movían al clero regular, por una parte, y a la monarquía española, por la otra, lo cual, sin llegar nunca a la ruptura, generaba desequilibrios más o menos considerables entre un autoritarismo resueltamente regalista y una rancia corporación eclesiástica que se resistía a los embates del despotismo borbónico. Y segunda, deliberadamente se ignoraba el hecho, pues reconocerlo exponía los elementos irreconciliables entre ambas posturas, de que el enfrentamiento expresaba la contradicción en que coexistían la forma en que las instituciones misioneras entendían la conquista de nuevas tierras, una "conquista de almas y fieles" sobre todo lo demás, y las razones temporales de la corona española y sus súbditos, razones esencialmente geopolíticas y económicas. Dada esta suerte de dualidad dentro de la estructura operativa de las empresas colonizadoras, la diferencia de perspectivas tenía que reflejarse por necesidad en el ejercicio de gobierno y en las relaciones sociales. No digo que los misioneros carecieran de intereses económicos al instruir a los indios, es solo que los dirigían, antes que otra cosa, a los objetivos de su instituto, mientras que las autoridades reales tendían a ver la utilidad de la catequesis en función de los asuntos políticos, del aparato hacendístico y de los impulsos de la economía privada.